На свое заседание от 3 април 1896 г. Клисурският градски общински съвет взема няколко важни решения, свързани със съхраняване паметта за участието на Клисура в Априлското въстание. Две от тях са 20 април да се установи за местен празник, като първото му честване да стане още същата година, и на главната въстаническа позиция „Зли дол“ да се издигне паметник. След години идеята за паметник е заменена с тази за построяването на сграда, в която да се съхраняват предмети, свързани с въстанието и която да се бъде център на културния живот в града. Тежкото материално състояние на клисурци е причина построяването й да се забави тридесет години. Усилията си обединяват жителите на града, Пловдивската и Софийската клисурска дружба и в деня на Св. св. Кирил и Методий 1925 г. е положен основният камък на сградата„Читалище-паметник-музей 20 април 1876 г.” На 3 май 1926 г. тя е тържествено осветена и от този ден започва да изпълнява своето предназначение – да поддържа спомена за миналото, като „съхранява предмети, свързани с дните на велико изпитание, и да пръска знания“.
Във внушителната красива сграда са обособени библиотека с читалня, театрален салон и помещение за музей. Това помещение е скромно по размери, но е място, в коетоще се съхраняват оцелелите свидетелства от Априлското въстание. В издавания от клисурските дружества в Пловдив и София. „Клисурски илюстрован лист“ се открива информация за подредбата и посещаемостта на функциониращия музей. Посрещнати от черешовото топче на фасадата, в залата вниманието на посетителите и привлечено от „още един екземпляр от черешовата артилерия със своя батареен командир Ив. Боримечката“. В „Клисурски илюстрован лист“ от февруари 1939 г. е посочено, че посетителите в музея за 1933 г. са 329 души, но реално са повече, защото много от тях не се подписват в книгата за посещение, каквато е практиката тогава. Въпреки това, от нея се вижда, че интересът към музея нараства – през 1934 г. той е посетен от 854 човека, а през 1935 г. – от 943.
През 1955 и 1960 г. музеят търпи преустройства, а по случай 100-годишнината от въстанието е преместен в една от залите на новия читалищен дом „Априлци”. Сградата „Читалище-паметник-музей” се използва за различни културни мероприятия. От 1977 г. старата зала на музея е превърната в малка художествена галерия, в която са изложени творби, свързани с Българското възраждане и национално-освободителното движение. Затворена за известно време, сградата е основно реконструирана и отваря отново врати през 2000 г., като оттогава в нея се помещава постоянната експозиция на Исторически музей Клисура.
Експозицията е разположена на три нива – Художествена галерия със зала за временни експозиции; Клисура ХIV ХIХ в. - бит, поминък и култура; Участие на Клисура в Априлското въстание през 1876 г.
Музеят обслужва три исторически къщи, които са неразделна част от историята на града – Павурджиева къща, Козинарова къща, Червенакова къща.